学院积极构建现代职业教育体系，与新疆农业大学、新疆喀什大学、新疆工程学院联合开展了“4+0”、“3+2”两种模式的应用型本科人才培养，进一步满足新疆综合交通发展对不同层次技术技能型人才的需求。

  学院“4+0”模式应用型本科有土木工程、轨道交通信号与控制两个专业，分别与新疆喀什大学、新疆工程学院联合办学，学制四年。四年本科教学均在新疆交通职业技术学院进行，在联办本科学校的指导下，完成由双方共同制定的课程学习，学业合格符合毕业条件和学士学位授予条件，由本科学校颁发本科毕业证书和学士学位证书。

  学院“3+2”模式应用型本科有交通运输（现代汽车方向）、物流工程两个专业，分别与新疆农业大学、新疆工程学院联合办学，学制五年。前三年在新疆交通职业技术学院完成高职阶段学习，经考核转段后，后两年在联办本科学校完成本科阶段学习。学业合格符合毕业条件和学士学位授予条件，由本科学校颁发本科毕业证书和学士学位证书。